玉泉寺也是禅宗北宗祖庭唐国师神秀的道场。唐仪风年间(676—678),神秀自黄梅五祖来到玉泉寺,在寺东开辟道场驻锡传禅20余年,朝野钦重,后被武则天恭请到京,时称“两京法主、三帝国师”,圆寂后,灵骨归葬于玉泉寺东楞伽峰。
自唐以来,玉泉寺教、律、密、禅、净兼修,诸宗竞秀,各派流光,高僧辈出,见诸记载的有一百二十多位大德高僧,其中被历代帝王封为“大师”和“国师”称号的就有十人之多。自智顗开始,下传章安灌顶,再传道素、弘景、惠真、弥陀承远、法照等,以次传灯,延及后世。弘景律师兼通天台与南山律,在此出家、弘法、圆寂。他从章安的门人道素学天台,从道宣律祖学南山律,协助实叉难陀翻译八十卷《华严经》,景龙二年(708)三月为鉴真授具足戒。
弘景法嗣有惠真、鉴真、普寂、怀让等。鉴真奉大唐皇帝之命东渡日本传教,成为中日文化交流史的始缔者,千古流芳。普寂后承神秀法脉,称北禅七祖。怀让禅师于玉泉寺皈依弘景禅师出家,后接曹溪慧能法脉,世称“南岳怀让”。
一行本普寂弟子,再随惠真研习天台教观与戒律,后受敕命辅助善无畏,为我国古代著名天文学家和密宗一代宗师。承远,24岁礼惠真出家,后受命住锡南岳衡山,为净土宗三祖,其弟子有净土宗四祖法照等。荷泽宗创始人神会于(967—701年)在此从神秀学习禅法,神秀赴京前劝其到曹溪慧能处学习,颇受慧能器重,系南禅立派重要人物。
后有唐末五代诗僧齐已,宋慕荣、道源、务本、承皓,元藏山、钟山,明正诲,清恒河、莲月、亮山,近现代有祖印、尘空等。北宋天禧年间,道源于玉泉山传灯录院编撰完成我国禅宗重要历史文献——《景德传灯录》。