查干湖自然保护区是吉林省人民政府1986年批准成立的省级自然保护区。保护区面积为480平方公里，大部分在开发区境内。

保护区核心区位于辛甸泡，泡内生满芦苇，是鸟类主要栖息场所;缓冲区位于查干湖夹芯子岛以北至辛甸泡水域;生产实验区位于新庙泡、库里泡、菱角泡和查干湖夹芯子岛以南水域。

保护区内现有鸟类有15目34科116种，占全省鸟类总数的35.6%，其中水鸟有13科58种，占本区鸟类总种数的50%。属国家Ⅰ级保护的有白枕鹤、白头鹤、丹顶鹤等5种;属国家Ⅱ级保护的有白天鹅、雀鹰、灰鹤等12种。

两栖类有1目3科4种，爬行类有2目3科4种，兽类4目9科22种。鱼类15科38种，主要有鲤、草、鲢、鳙、鲫、红鳍鮊鱼、青鱼、鲶鱼、黄颡、鳌花鱼、武昌鱼等。

随着环境保护工作的不断开展，全区植树造林面积逐年增加，植被得到恢复，湖泊塌岸得到治理，鸟类数量也明显增加。中华秋沙鸭、白天鹅等国家级重点保护鸟类年年来保护区栖息和繁殖。